Une certaine « fatigue pandémique » a gagné une partie de la population, mais le SARS-CoV-2, lui, continue d’évoluer. Alors que la France connaît sa huitième vague (la quatrième de 2022), dominée par le sous-variant Omicron BA.5, elle voit progresser rapidement un autre sous-variant, nommé BQ.1.1. Samuel Alizon, directeur de recherche (CNRS, CIRB) et Mircea Sofonea, maître de conférences (Université de Montpellier, MIVEGEC), reviennent sur la situation sanitaire qui s’annonce cet hiver et pointent les enjeux de la surveillance et de la recherche dans notre pays. Pour quelles conséquences ?
The Conversation : Avec la fin de l’été, l’actualité a refait place au Covid et à ses variants. C’est désormais BQ.1.1 et autres XBB qui sont évoqués. Que peut-on déjà dire de ces « sous-variants » ? Et comment sont-ils suivis ?
Samuel Alizon : Depuis septembre, on assiste à une forte diversification du SARS-CoV-2, avec l’émergence de nombreux sous-variants du variant Omicron.
BA.4.6, BA.2.75, BA.5.2 et même B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1, rebaptisé BQ.1.1 selon la nomenclature Pango, qui propose un système d’identification pour suivre les lignées génétiques du SARS-CoV-2 présentant un intérêt épidémiologique…
Toutes ces lignées, qui prédominent dans diverses régions du monde (BQ.1.1, par exemple, est en pleine progression actuellement en France) appartiennent officiellement au variant Omicron. Il s’agit donc de sous-variants, mais en réalité, on pourrait facilement les qualifier de variants.
TC : Que sait-on de ces nouveaux sous-variants ? Représentent-ils une menace au niveau épidémiologique ?
SA : À ce stade, bien des connaissances sur ces nouvelles lignées sont à prendre avec précaution car elles sont, au mieux, issues de pré-publications, non relues par les pairs. On ne sait que peu de chose de leur virulence et, évidemment, quasiment rien sur les effets à long terme engendrés par leurs infections.
Nous sommes certains, en revanche, des mutations qui sont présentes dans les génomes de ces lignées, puisque ce sont elles qui les définissent. Le variant BA.5 avait par exemple fixé une mutation en position 452 de la protéine Spike. Celle-ci était très étudiée, car elle était caractéristique du variant Delta au moment de son apparition.
Pour BQ.1.1, on observe toute une autre série de mutations dans le Receptor Binding Domain (RBD) de cette protéine, autrement dit la partie de la protéine Spike qui interagit avec ACE2, la « serrure » située à la surface des cellules qu’infecte le SARS-CoV-2. C’est notamment le cas de la mutation S :R346T. Comme l’indique une pré-publication issue d’un consortium d’équipes chinoises, ces mutations semblent conférer un important potentiel d’évasion immunitaire à cette lignée. De plus, BQ.1.1 pourrait ne pas être sensible aux traitements par les anticorps monoclonaux disponibles en France…
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Auteur: Mircea T. Sofonea, Maître de conférences en épidémiologie et évolution des maladies infectieuses, laboratoire MIVEGEC, Université de Montpellier
