Étudier la biodiversité marine dans une Méditerranée affranchie d’activités humaines, l’occasion était inespérée pour les écologues marins. Lors du premier confinement, en mai 2020, branle-bas de combat au laboratoire de recherche marine Marbec, qui met alors en place le suivi de la biodiversité du littoral méditerranéen avec l’ADN environnemental. Grâce à l’analyse des fragments d’ADN présents dans l’eau, l’équipe peut identifier les espèces passées par là. De nouvelles espèces se sont-elles aventurées sur les côtes en l’absence des humains ? Les résultats sont sans équivoque.
« L’analyse des échantillons d’eau de mer pendant le confinement montre qu’il y a un tiers d’espèces en plus sur le littoral que lors des précédents relevés. Une proportion qui grimpe à 50 % dans les réserves marines », nous confie David Mouillot, directeur de recherche à Marbec. « Si l’augmentation de la biodiversité pendant le confinement a été largement commentée, peu d’études ont pu quantifier cette augmentation », remarque sa collègue Julie Deter.
Mais cet afflux de biodiversité a été fugace. L’analyse des échantillons deux mois plus tard, en juillet 2020, montre que le pic de biodiversité a disparu. L’hypothèse est que les espèces trouvent refuge en s’éloignant des côtes, mais reviennent si elles ne sont plus dérangées. Avec ces relevés, les chercheurs se félicitent surtout d’avoir un état de référence écologique, pas facile à établir dans une des mers les plus fréquentées au monde.
75 % des génomes répertoriés
Ces résultats — en cours de publication scientifique — sont les plus récents obtenus avec l’ADN environnemental. Arrivée avec l’automatisation du séquençage du génome, la technique repose sur l’analyse d’ADN filtré dans de l’eau. Sachant que les espèces vivantes libèrent des fragments d’ADN qui se baladent dans l’eau une douzaine d’heures avant d’être dégradés. Chaque séquence d’ADN récupérée est décodée, puis comparée avec une base de données des génomes des espèces afin de l’identifier. Éprouvée en eau douce, cette technique est appliquée depuis 2016 au milieu marin par David Mouillot. Avec son équipe, il a constitué une base de référence pour la Méditerranée qui compte aujourd’hui 75 % des génomes sur les 600 espèces de poisson répertoriées. « On devrait atteindre 85 % à automne », précise l’intéressé.
Précurseur, David Mouillot ne tarit pas sur les possibilités ouvertes par…
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Auteur: Reporterre
