Le microbiote intestinal, c’est l’ensemble des bactéries et virus résidant dans notre intestin. Il est impliqué dans diverses fonctions, comme la digestion des aliments et la protection contre certaines pathogènes.
Certains facteurs peuvent perturber le microbiote intestinal. On parle notamment de notre alimentation, de notre consommation d’alcool, de la prise d’antibiotiques et des maladies inflammatoires de l’intestin. Ces altérations, nommées « dysbiose », sont associées à un large éventail de maladies chroniques.
Dans la dernière décennie, les résultats de centaines d’études effectuées chez des modèles animaux ont proposé que la dysbiose intestinale pourrait influencer plusieurs perturbations métaboliques. De plus, chez des rongeurs, l’implantation de certaines bactéries pourrait influencer le poids et le profil métabolique. De plus, le transfert du microbiote intestinal d’une souris mince à une souris de poids élevée lui permettrait de perdre du poids. Est-ce trop beau pour être vrai ?
Respectivement étudiant au doctorat et professeur titulaire au Département de médecine de l’Université Laval, notre objectif est d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques pour les maladies chroniques et l’espérance de vie en santé avec une approche basée sur l’épidémiologie génétique. Ce court article vise à résumer et contextualiser nos récents travaux de recherche sur le microbiote intestinal.
L’importance d’un lien de causalité
Des scientifiques ont suggéré que la consommation de certains aliments comme les fibres alimentaires, les fruits riches en antioxydants et la viande rouge aurait un effet sur le microbiote intestinal. Certains avancent même que le microbiote pourrait devenir une cible thérapeutique pour la prévention ou le traitement de certaines maladies chroniques.
Le microbiote intestinal, c’est l’ensemble des bactéries et virus résidant dans notre intestin. Il est impliqué dans diverses fonctions, comme la digestion des aliments et la protection contre certains pathogènes.
(Shutterstock)
Or, pour que le microbiote devienne une cible thérapeutique d’intérêt, il est primordial d’établir un lien de causalité entre les caractéristiques du microbiote intestinal et les maladies chroniques. En effet, un lien de causalité suggère que la modification du microbiote diminuerait le risque de développer une maladie. Même si plusieurs études observationnelles (non expérimentales) chez l’humain ont identifié des liens statistiques entre divers marqueurs du microbiote intestinal et les maladies chroniques, le lien de causalité n’est pas clairement établi.
Par exemple, on ne sait pas si la dysbiose intestinale est la cause ou la conséquence d’une maladie (causalité inverse). On ne sait pas non plus si les deux seraient influencés par d’autres facteurs « confondants », qui seraient associés à la fois au microbiote intestinal et aux maladies chroniques. On pourrait penser, par exemple, à la qualité de notre alimentation, notre poids ou notre consommation d’alcool.
Ainsi, l’objectif de nos travaux était de déterminer s’il existe bel et bien une relation directe et de cause à effet entre le microbiote intestinal et des marqueurs métaboliques comme le poids, huit maladies chroniques et la longévité humaine à l’aide d’une approche génétique, la randomisation mendélienne.
Le pouvoir des données génétiques
La randomisation mendélienne tente d’établir des liens de causalité à partir de données génétiques. Pour ce faire, la randomisation mendélienne utilise des variants génétiques (des changements fréquents dans la séquence de notre génome appelés polymorphismes nucléotidiques) fortement associés à un facteur de risque (microbiote intestinal), pour établir un lien de causalité avec une variable dépendante (marqueurs de santé et maladies), tel que décrit dans un récent article. Comme les variations de notre génome sont établies au moment de la formation de l’embryon et qu’elles demeurent stables au cours de notre vie, cette expérience de randomisation naturelle n’est pas sujette aux biais de causalité inverse, puisque la présence de maladie n’influence pas notre code génétique. Elle n’est pas non plus sujette à l’effet des facteurs confondants,…
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Auteur: Éloi Gagnon, PhD Candidate, Université Laval
